Secondo Amnesty International, le forze di sicurezza Indonesiane forniscono protezione alle aziende nazionali e transnazionali che operano nella West Papua e contemporaneamente si rendono responsabili di gravi violazioni di diritti umani. L'estrazione mineraria e la deforestazione hanno provocato danni ambientali e leso i diritti delle popolazioni indigene. Coloro che rivendicano i diritti sulla terra sono spesso accusati di essere ribelli o separatisti. Un rapporto dell'ICG sostiene che ci sia una stretta connessione tra l'estrazione di risorse naturali, gli interessi finanziari dell'esercito e l'attuale conflitto nella West Papua. Il WWF esprime preoccupazione per il previsto aumento delle piantagioni di palma da olio nei prossimi anni, che potrebbe incrementare il già alto tasso di deforestazione in Indonesia.